يُعدُّ إبراهيم عيسى أحد أكبر الصحفيين ورؤساء التحرير الذين يصدر لهم مؤلفات وروايات بطريقة دورية ومستمرة، إذ يمتلك خمسة وثلاثين كتابًا تقريبًا منوعة بين سلسلة مقالات، وروايات ومجموعات قصصية، وآراء وأفكار سياسية ودينية، الصحفى الذى تمت مصادرة ثلاثة روايات له، “مقتل الرجل الكبير” و”أشباح وطنية” و”العراة”، لم يكف عن المشاغبة والبحث والتنقيب فى دروب السياسة وكهوف الأحداث التاريخية الدينية، لتزخر مكتبته بعدد كبير من أفخم المؤلفات والتى تنتهى بروايته التى صدرت مؤخرًا رحلة الدم بجزئها الأول «القتلة الأوائل»، وفى ما يلى نستعرض مؤلفاته تلك:
«الأغنية البديلة» بالاشتراك مع عبد الله كمال 1988.
فى وصف من يمكن تسميتها الحبيبة «رواية» 1989 دار الحقيقة للإعلام الدولى.
العراة «رواية» 1991 الهيئة المصرية العامة للكتاب – مكتبة الأسرة «تمت مصادرتها بقرار من الأزهر عام 1992».
دم الحسين 1992 دار الدار.
– العصافير لا تعشق الطيران «قصص قصيرة» 1992- الهيئة المصرية العامة للكتاب.
عمائم وخناجر 1993 سفنكس للطباعة والنشر.
أفكار مهددة بالقتل من الشعراوى إلى سلمان رشدى 1993 مكتبة المدبولى الصغير.
مريم التجلى الأخير 1993 دار الهلال.
الجنس وعلماء الإسلام 1993 مكتبة المدبولى الصغير.
الحرب بالنقاب «ظاهرة حجاب الفنانات.. الإسلام السعودى فى مصر» 1993 دار الشباب العربى.
فصل الخطاب فى ارتداء الحجاب 1994 سفنكس للطباعة والنشر.
الحرية فى سبيل الله 1994 دار الشباب العربى.
دم على نهد «رواية» 1996 دار ميريت.
صار بعيدًا «رواية» 1997 الهيئة المصرية العامة للكتاب.
صباح النهايات.. سفر الأحباب «قصص قصيرة» 1998 مكتبة المدبولى الصغير.
مقتل الرجل الكبير «رواية سياسية تمت مصادرتها» 1999، ورفضت دور نشر عديدة طباعتها فطبعها عيسى على نفقته الخاصة.
– لو لم أكن مصريًّا 2000 عربية للطباعة والنشر.
اذهب إلى فرعون 2003 مكتبة مدبولى.
مجرد اختلاف فى وجهات النظر- حوار مع محمد عبد القدوس «حوار بين إبراهيم عيسى ومحمد عبد القدوس فى عدد من القضايا وبيان لآراء كل منهما» 2003 مكتبة مدبولى.
أشباح وطنية «رواية» 2005 الدار للنشر والتوزيع.
رجال بعد الرسول 2007 الدار للنشر والتوزيع.
كتابى عن مبارك وعصره ومصره 2008 مكتبة مدبولى.
الإسلام الديمقراطى 2008 دار الدار.
تاريخ المستقبل 2009 مكتبة مدبولى.
لدى أقوال أخرى 2009 مكتبة مدبولى.
قصة حبهم 2009 دار كيان.
المقالات الغزاوية «مقالات سياسية» 2009 مكتبة مدبولى.
كتاب الدستور 2010 دار المصرى للنشر والتوزيع.
عندما كنا نحب «مجموعة قصصية» 2010 دار ميريت.
عيون رأت الثورة 2011 دار دوِّن.
ألوان يناير 2012 دار الشروق.
الطريق إلى يناير 2012 دار بلومزبرى – مؤسسة قطر للنشر.
مولانا «رواية» 2012 دار بلومزبرى – مؤسسة قطر للنشر.
مشارف الخمسين «موجز عن حياة» 2015 دار الكرمة للنشر.